Сюжета как такового нет. Есть лишь завязка в начальном видеоролике. В каждом дополнении она разная.
Торговая Военная Коалиция (ТВК)

История ТВК началась более 1000 лет назад, когда экономически подкованные граждане решили образовать торговый орден. Он назывался «Торговые Миры» и базировался на строгих принципах экономики и не менее строгих нормах поведения. Торговые Миры быстро начали расширяться и превратились в крупнейшую промышленную и коммерческую организацию. Однако помимо общих принципов организации каждый мир, входящий в её состав, имел свои личные интересы, форму правления, экономическую систему и культуру.

В ранний период торгового ордена произошло одно уникальное событие, впоследствии оказавшее влияние на всю галактику. Во время обычной исследовательской экспедиции по поиску новых торговых партнёров посланцы ордена приземлились на сухой пустынной планете, вращающейся вокруг красного гиганта. На этой планете они обнаружили колонию, социальный строй и научные изыскания которой самым гнусным и беспардонным образом нарушали принципы ордена. Когда посланники вернулись, их шокирующие новости разнеслись по всем Торговым Мирам, и очень скоро было принято решение об изгнании. Впервые в истории торговый орден навязал свою волю верховному правительству, принудив его собрать всех нечестивцев вместе и навсегда изгнать из торгового пространства, после чего об изгнанниках забыли.

Следующую тысячу лет Торговые Миры жили в относительном мире и процветании. О войне теперь можно было прочитать только в исторических книгах или увидеть её на голографических экранах. Редкие случаи несогласия улаживались в Торговых судах, после чего торговые корабли продолжали доставлять товары во все концы галактики.

Золотой век торгового ордена закончился около десяти лет назад с появлением империи Васари. Они легко разделались с беззащитными торговыми судами, и уже через несколько месяцев над орденом нависла угроза полнейшего поражения. В последней попытке изменить ход войны орден выдал санкцию на образование Торговой Военной Коалиции (ТВК), которая должна была сразиться с врагом. ТВК быстро сообразила, как направить огромные богатства ордена на пользу войне, и использовала все доступные преимущества, чтобы оттеснить Васари. К несчастью для ТВК, вскоре Васари возвратились и открыли второй фронт войны.

Идущие

История Идущих берёт своё начало задолго до появления торгового ордена. По легендам, вначале эта цивилизация представляла собой один из многих раздробленных народов, который искал духовного уединения на окраинах изведанных миров, идя по следам великих древних войн.

Идущие, чьё общество собирательно называется «Единством» — это высокоразвитая цивилизация, полагающаяся главным образом на духовные, психические и кибернетические технологии. Единство пронизано чувством своей элитарности, наиболее ярко выраженном в той ценности, которую этот народ придаёт псионическим способностям. Безмолвные — те, кто не может общаться с коллективным разумом Единства — встречаются невероятно редко и, как правило, держатся ото всех на расстоянии.

В раннем возрасте детей Идущих учат искать просветления любым подходящим им способом, и даже самые маленькие дети часто пользуются неврохимикатами и искусственными имплантатами, которые помогают им раскрыть их ментальные способности. Это повсеместное использование технологий — называемых ПсиТехом — приводит к странному чувству коллективизма Идущих, и позволяет им делиться мыслями и чувствами едва ли не на подсознательном уровне. Странствования по этому морю идей и мыслей, их интерпретация и формирование — это очень высоко ценимое умение в культуре Идущих, и те, кто достиг в нём высокого мастерства, могут устанавливать основные принципы социальной иерархии Единства. Наиболее склонны к такому умению женщины и те из них, кто сумел возвыситься над остальными кастами, называются Коалесценциями.

Когда торговый орден изгнал предков Идущих с их планеты, это нанесло тяжёлую травму их психике. Все последующие столетия каждый из Идущих стремился отомстить врагу и занять своё законное место в галактике. Эта неуёмная жажда мести заставляла Идущих постоянно совершенствовать свои практики и развивать технологии до таких масштабов, о которых торговцам не приходилось даже и мечтать. Более тысячи лет Идущие использовали все доступные им ресурсы для создания страшного оружия и развития умений по своему ПсиТеху. Когда ресурсы закончились и в распоряжении Идущих был внушительный арсенал, высшая Коалесценция сформировала волю Единства и решила, что пришло время вернуться на свою родину и исполнить их верховные пророчества.

Империя Васари

Древняя империя Васари некогда правила бесчисленными мирами. Возникнув в сердце галактики, империя быстро разрослась и взяла под контроль сотни инопланетных рас. Большинство встреченных народов оказались примитивными и мирными, но более развитые цивилизации изо всех сил сопротивлялись порабощению. После завоевания эти народы внедрялись в общество Васари в качестве «ценных сограждан», и им давалась минимальная власть в империи. После этого каждый мир закрывался и управлялся с помощью обширных орбитальных сооружений, дабы понизить шансы мятежа.

Как это бывает со всеми империями, Васари начали распадаться изнутри. Десять тысяч лет назад внезапно прервалась связь с внешними мирами империи. Заподозрив мятеж, командование отправило туда местное подразделение Тёмного Флота для восстановления порядка, но от подразделения также не поступило никаких сигналов. Скоро прервалась связь ещё с тремя планетами, и пока внутренняя разведка обдумывала, как среагировать на эту государственную измену, исчезли ещё несколько планет — включая древнюю родину Васари.

Невидимый враг действовал с поразительной скоростью, опережая даже Тёмный Флот! Последнее, что удалось сделать флоту — это увести все свои суда с границы и слепо атаковать то, что прорывалось из центральных миров Васари. Когда единственный уцелевший, тяжело подбитый корабль Тёмного Флота вынырнул из космоса возле планеты на окраине империи, её жители решили взять его на абордаж. Внутри оказалась некогда профессиональная боевая команда, все члены которой сошли с ума от ужаса.

Совершив редкий акт неповиновения, жители планеты решили эвакуироваться в далёкую от империи систему. Это был последний раз, когда они видели владения Васари. Следующие 10000 лет корабли беженцев Васари скитались из одной системы в другую, разбрасывая сигнальные маячки и останавливаясь только для того, чтобы пополнить запасы. Как бы далеко ни улетали Васари, их сигнальные маячки вскоре замолкают, а их невидимый враг продолжает преследовать их, явно намереваясь полностью уничтожить.

Основной целью игры является полное завоевание господства в галактике, для чего вам придётся колонизировать планеты и другие космические объекты, развивать инфраструктуру, вести научные исследования, а также вступать в схватки с представителями двух других рас, представленных в игре.
Возможности игрока

Игроки могут смотреть на звёздные системы, затем приблизиться до отображения отдельных планет и даже индивидуальных кораблей и истребителей. Этот режим стратегического приближения напоминает игру «Supreme Commander». Игра также напоминает пошаговую стратегию «Galactic Civilizations 2: Dread Lords».

В игре есть три основных неисчерпаемых ресурса. Кредиты (валюта всех рас), получаемая вследствие завершения заданий, сбора наград и взымания налогов; металл (для создания орбитальных баз и кораблей), добываемый на металлических астероидах и вулканистых планетах; и кристаллы (для создания продвинутых технологий и крупных кораблей), добываемые на кристалльных астероидах и ледяных планетах. Игрок может строить планетарные и орбитальные структуры, включая научно-исследовательские лаборатории и оборонные платформы. Постройки делятся на логистичекие и тактические. Логистические структуры включают в себя верфи, исследовательские лаборатории и т. п., тогда как тактические включают в себя оборонные сооружения, генераторы фазовых помех и сверхоружие каждой расы. Захват вражеских планет осуществляется двумя способами: распространение культуры (использование пропаганды) и орбитальная бомбёжка.

Дипломатия позволяет игроку создавать союзы, тогда как чёрный рынок позволяет назначать на своих союзников или врагов награды у пиратов. Особо финансово талантливые игроки могут даже подрывать экономику врага манипулируя ценами на чёрном рынке.